意味の違いというよりむしろ、英語として自然かどうかという問題になります。
「9.1　能動態と受動態の意味の違い」で述べたように、普通、文は聞き手が知っていることで始め、「新しい情報」は文のあとに入れます。聞き手に初めてその本を紹介するときに「新しい情報」に当たるのは A book ですから、それが文頭にある（×）A book is on the desk. は不自然な文です。よって、この場合のように特定できないもの、つまり聞き手が未知のものについて、その存在を知らせるときには（○）There is a book on the desk. の形にして、a book を文頭に出さないのが普通の言い方です。

否定の疑問文は、話し手がどのように考えているかを示したり、話し手の驚き、困惑、怒りといった態度を伝えたりする際にも用いられます。

例　Haven't you finished your homework yet?
　（まだ宿題が終わっていないの？）
　＊「信じられない、遅いのね」といった批判的な含みを持つ

質問の文の Isn't it refreshing to walk by the river? には「川べりを散歩するのは気持ちいい」という話し手の気持ちが込められており、これは Yes, it is.（ええ、そうね）というこたえを期待していると推測できます。It is refreshing to walk by the river, isn't it? のような付加疑問の形でも、文尾を下降調で言えば、同じように同意を求める意味を表すことができます（イントネーションによる付加疑問の意味の違いについては「13.7　肯定文＋肯定の付加疑問」を参照のこと）。

疑問文の形にかかわらず、英語では yes は肯定の文とともに使われ、no は否定の文とともに使われます。自分がこたえる内容に応じて yes、no を使い分ければいいのです。質問の応答は「キーウエストはおもしろそうだと思う」という肯定の内容なので、yes を用いて Yes, I think Key West sounds interesting. とこたえるところを、Yes, it (= Key West) does (= sounds) (interesting). と略しているわけです。

例　Didn't you feed the dog?
　（あなた、犬にえさをやらなかったんじゃない？）
　　No, I didn't.（ああ、やらなかったよ）
　　Yes, I did.（いや、やったよ）

How come ～? で「どうして～？」という意味を表します。Why are you late? と言ってもほぼ同じ意味ですが、how come と why では疑問文の作り方が違うことに注意しましょう。why のあとは are you late のように疑問文の語順になりますが、how come のあとは平叙文の語順（主語、動詞の順）になります。

質問の文は、決して丁寧な形とは言えませんが、語調によって〈依頼〉の意味を表します。命令するときは基本的に文尾を下降調で言いますが、いわゆる命令文でも、上昇調で言えば柔らかく依頼している感じになるのです。そのときの話し手の表情や語調から、意味を読み取りましょう。

例　Drive carefully.
　（車の運転は慎重にね）

mind は否定文・疑問文では「～（するの）を嫌だと思う、迷惑に思う」という意味なので、Would [Do] you mind -ing? の文字どおりの意味は「～することが嫌ですか」となります。これに「嫌です」とこたえるときに、Yes. とだけ言うのはぶっきらぼうな感じがします。I'm sorry, but ～ のように（依頼に応じられない）理由を伝えれば丁寧です。
また「嫌ではありません（喜んでやります）」とこたえるときには、否定の形で次のように言います。

例　Not at all. I'd be glad to. / No, I'd be happy to.
　（いいえ、まったく嫌ではありません。喜んで［やります］）
　　Of course not.
　（もちろん嫌ではありません）

この場合も、No. とだけ言うのは避けたほうがよいでしょう。

どちらも正しい文ですが、意味がやや違います。
(1) This is the last train, isn't it?
(2) This is the last train, is it?

(1) は「これは最終電車ですよね？」という意味を表します。文尾を下降調で言うと同意を求めることになり、文尾を上昇調で言うと確認したり、念を押したりしていることになります。

例　You're the new manager, aren't you?
　（あなたが新しい店長ですね？）
　　She can't swim, can she?
　（彼女は泳げないのですね？）

(2) の〈肯定文＋肯定の付加疑問〉は皮肉っぽい感じがあり、アメリカではあまり使われません。日本語で言えば「これが最終電車だって？（そんなはずはない）」という意味になります。

発展解説
なお〈肯定文＋肯定の付加疑問〉は、話し手が「推測」や「以前、話題になったこと」から導いた結論を確認する場合に使うこともあります。このときは、文尾を上昇調で言います。

例　So you were late, were you?
　（じゃ、きみは遅れたんだね）

質問の Seen Johnny? は Have you seen Johnny? の Have you を省略した形です。非常にくだけた口語では、意味がはっきりしていれば文頭の語句を省略することがあります。特に一般動詞の前の I や He、She はしばしば省略されます。

例　(I) Hope to see you soon.
　（あなたにすぐ会いたい）
　　(He) Came to work drunk.
　（彼は酔っぱらって仕事に来た）

質問の Yes, is it? のように、短い疑問形でおうむ返しにこたえることで、相手の言葉に対する関心を示すことができます。イントネーションによって、さまざまな感情を表現できますが、ここでは「ああ、ほんとうに」といった意味になります。

例　I'm hungry. Oh, are you? Would you like some cake?
　（おなかがすいたよ――まあ、そう？　ケーキをいかが？）